VGP - Vertebrate Genomes Project assembly hubs, track statistics

VGP logo

This assembly hub contains assemblies released by the Vertebrate Genomes Project. (set of legacy/superseded assemblies)

See also: hub access, assembly statistics


Data resource links

NOTE: Click on the column headers to sort the table by that column
The link to genome browser will attach only that single assembly to the genome browser.
The numbers are: item count (percent coverage)
Except for the gc5Base column which is: overall GC % average (percent coverage)
count common name
link to genome browser		 ncbiRefSeq xenoRefGene augustus
genes		 Ensembl
genes		 gc5 base gaps assembly
sequences		 Repeat
Masker		 TRF
simpleRepeat		 window
Masker		 cpg
islands
1 African grass rat (paternal X 2020)
GCA_011762505.1		 45,963
(36.56 %)		 20,933
(2.00 %)		 19,613
(1.43 %)		 37,929
(2.32 %)		 41.39
(99.19 %)		 1,624
(0.81 %)		 1,596
(100.00 %)		 4,940,083
(37.33 %)		 1,674,970
(5.40 %)		 13,613,540
(32.71 %)		 17,767
(0.51 %)
2 Atlantic halibut (genbank)
GCA_009819705.1		 52,117
(66.34 %)		 14,960
(3.20 %)		 45,365
(7.48 %)		 69,625
(10.94 %)		 42.21
(99.43 %)		 290
(0.57 %)		 57
(100.00 %)		 428,421
(4.16 %)		 256,153
(3.73 %)		 3,725,979
(24.13 %)		 31,325
(2.25 %)
3 Anna's hummingbird
GCF_003957555.1		 31,091
(4.24 %)		 12,257
(1.95 %)		 14,633
(2.35 %)		 n/a 41.49
(98.48 %)		 429
(1.52 %)		 159
(100.00 %)		 535,315
(7.95 %)		 262,055
(1.51 %)		 6,092,276
(20.84 %)		 17,130
(1.48 %)
4 barn swallow (bHirRus1 v2 primary hap 2021 refseq)
GCF_015227805.1		 43,374
(5.14 %)		 12,385
(1.88 %)		 23,302
(2.31 %)		 n/a 42.54
(97.69 %)		 1,102
(2.31 %)		 617
(100.00 %)		 579,928
(6.20 %)		 364,636
(2.27 %)		 6,198,840
(21.01 %)		 36,546
(2.82 %)
5 black rhinoceros (mBicDic1 primary hap 2021 genbank)
GCA_020826845.1		 56,255
(36.51 %)		 18,774
(1.38 %)		 22,346
(1.26 %)		 n/a 41.59
(99.95 %)		 215
(0.05 %)		 1,075
(100.00 %)		 4,200,385
(36.22 %)		 548,030
(8.34 %)		 14,347,639
(40.14 %)		 43,525
(1.14 %)
6 black-legged kittiwake (bRisTri1.patW 2023 genbank)
GCA_028500815.1		 51,115
(48.16 %)		 13,211
(1.67 %)		 24,108
(1.99 %)		 n/a 44.40
(99.94 %)		 283
(0.06 %)		 716
(100.00 %)		 521,275
(5.36 %)		 236,727
(8.62 %)		 5,684,588
(26.70 %)		 45,318
(4.71 %)
7 blue whale (JJ_BM4_2016_0621 v2 2020)
GCA_009873245.2		 n/a 19,164
(1.81 %)		 20,546
(1.41 %)		 34,210
(1.86 %)		 40.88
(98.91 %)		 936
(1.09 %)		 130
(100.00 %)		 3,999,202
(44.22 %)		 581,540
(1.22 %)		 12,900,977
(34.62 %)		 67,189
(1.73 %)
8 blue whale (alternate hap JJ_BM4_2016_0621 2019)
GCA_008658375.1		 n/a 17,285
(1.80 %)		 21,295
(1.43 %)		 n/a 41.22
(100.00 %)		 n/a 12,574
(100.00 %)		 3,196,354
(43.47 %)		 467,194
(1.26 %)		 10,176,588
(33.66 %)		 56,916
(1.85 %)
9 blunt-snouted clingfish (v1 2019 genbank)
GCA_900634775.1		 47,312
(59.52 %)		 14,496
(1.97 %)		 28,873
(5.58 %)		 60,981
(6.13 %)		 38.27
(98.47 %)		 1,160
(1.53 %)		 441
(100.00 %)		 731,730
(4.21 %)		 471,620
(4.92 %)		 5,974,002
(42.88 %)		 29,050
(1.48 %)
10 blunt-snouted clingfish (v1 2019 refseq)
GCF_900634775.1		 47,312
(7.12 %)		 14,496
(1.97 %)		 28,873
(5.58 %)		 60,981
(6.13 %)		 38.27
(98.47 %)		 1,160
(1.53 %)		 441
(100.00 %)		 731,730
(4.21 %)		 471,620
(4.92 %)		 5,974,002
(42.88 %)		 29,050
(1.48 %)
11 Bornean orangutan (v1 AG05252 alternate hap 2023 genbank)
GCA_028885525.1		 n/a 19,820
(1.76 %)		 20,399
(1.15 %)		 n/a 40.98
(99.88 %)		 36
(0.12 %)		 251
(99.88 %)		 5,232,617
(54.01 %)		 1,003,539
(10.19 %)		 14,858,575
(42.10 %)		 42,467
(1.24 %)
12 Bornean orangutan (v1 AG05252 primary hap 2023 refseq)
GCF_028885625.1		 81,966
(2.93 %)		 20,794
(1.72 %)		 21,307
(1.13 %)		 n/a 41.13
(99.86 %)		 39
(0.14 %)		 1,593
(99.86 %)		 5,651,267
(54.21 %)		 1,155,151
(9.33 %)		 16,242,823
(42.82 %)		 52,294
(2.02 %)
13 budgerigar
GCA_012275295.1		 32,026
(47.01 %)		 13,250
(1.87 %)		 23,063
(2.25 %)		 26,324
(3.11 %)		 41.80
(99.72 %)		 284
(0.28 %)		 865
(100.00 %)		 539,059
(10.20 %)		 279,511
(3.12 %)		 5,874,608
(22.08 %)		 21,155
(1.61 %)
14 California sea lion (v1 2019)
GCA_009762305.1		 n/a 21,020
(1.79 %)		 20,045
(1.39 %)		 45,176
(2.15 %)		 41.40
(99.28 %)		 122
(0.72 %)		 43
(100.00 %)		 4,529,949
(43.67 %)		 589,962
(1.24 %)		 13,266,465
(33.77 %)		 51,989
(1.50 %)
15 California sea lion (alternate hap 2019)
GCA_009762295.1		 n/a 18,348
(1.81 %)		 18,692
(1.47 %)		 n/a 41.58
(100.00 %)		 n/a 3,093
(100.00 %)		 3,722,619
(42.89 %)		 488,086
(1.26 %)		 10,893,132
(33.14 %)		 44,449
(1.57 %)
16 Canada lynx (LIC74 v1 2019)
GCF_007474595.1		 50,094
(2.69 %)		 18,283
(1.66 %)		 19,326
(1.35 %)		 38,985
(1.96 %)		 41.70
(99.88 %)		 848
(0.12 %)		 66
(100.00 %)		 5,016,399
(43.75 %)		 904,986
(1.75 %)		 13,476,288
(34.20 %)		 66,822
(2.52 %)
17 Canada lynx (alternate hap LIC74 2019)
GCA_007474575.1		 n/a 12,029
(1.42 %)		 15,171
(1.16 %)		 n/a 41.46
(100.00 %)		 3
(0.00 %)		 15,036
(100.00 %)		 2,937,491
(43.50 %)		 544,410
(1.76 %)		 7,641,565
(32.72 %)		 39,082
(2.44 %)
18 channel bull blenny
GCA_900634415.1		 40,788
(61.50 %)		 14,472
(3.02 %)		 24,012
(6.59 %)		 60,720
(10.43 %)		 40.96
(99.58 %)		 445
(0.42 %)		 322
(100.00 %)		 420,697
(5.49 %)		 320,518
(6.91 %)		 3,394,846
(28.67 %)		 20,453
(1.39 %)
19 chimpanzee (v1 AG18354 alternate hap 2023 genbank)
GCA_028858805.1		 n/a 20,001
(1.79 %)		 21,230
(1.19 %)		 n/a 40.62
(99.78 %)		 22
(0.22 %)		 141
(99.78 %)		 5,092,768
(48.83 %)		 946,933
(11.75 %)		 14,844,947
(42.39 %)		 47,662
(1.21 %)
20 chimpanzee (v1 AG18354 primary hap 2023 refseq)
GCF_028858775.1		 111,282
(4.36 %)		 20,990
(1.75 %)		 21,705
(1.15 %)		 n/a 40.94
(99.90 %)		 29
(0.10 %)		 1,500
(99.90 %)		 5,581,205
(50.06 %)		 1,158,792
(10.59 %)		 15,972,274
(43.09 %)		 61,901
(2.29 %)
21 climbing perch (v1.2 2018 genbank)
GCA_900324465.2		 42,746
(63.74 %)		 15,239
(3.53 %)		 39,067
(7.54 %)		 63,908
(10.45 %)		 40.40
(99.35 %)		 266
(0.65 %)		 50
(100.00 %)		 324,479
(2.66 %)		 130,248
(1.89 %)		 3,324,960
(21.31 %)		 10,500
(0.87 %)
22 climbing perch (v1.2 2018 refseq)
GCF_900324465.2		 42,746
(13.53 %)		 15,241
(3.53 %)		 39,067
(7.54 %)		 63,908
(10.45 %)		 40.40
(99.35 %)		 266
(0.65 %)		 51
(100.00 %)		 324,324
(2.66 %)		 130,249
(1.89 %)		 3,325,009
(21.31 %)		 10,500
(0.87 %)
23 common brushtail (genbank 2020)
GCA_011100635.1		 37,661
(35.20 %)		 18,681
(0.81 %)		 15,375
(0.86 %)		 n/a 39.48
(99.44 %)		 1,796
(0.56 %)		 212
(100.00 %)		 7,598,697
(38.92 %)		 1,259,434
(1.97 %)		 22,071,301
(40.56 %)		 17,762
(0.38 %)
24 common bottlenose dolphin (maternal Y genbank 2020)
GCA_011762595.1		 67,207
(45.84 %)		 18,772
(1.77 %)		 20,527
(1.42 %)		 35,815
(1.58 %)		 41.44
(99.74 %)		 674
(0.26 %)		 362
(100.00 %)		 4,067,521
(46.14 %)		 628,982
(2.12 %)		 12,490,896
(35.29 %)		 65,551
(1.90 %)
25 common cuckoo (bCucCan1 primary hap 2021 genbank)
GCA_017976375.1		 50,206
(57.28 %)		 13,179
(1.84 %)		 25,859
(2.41 %)		 n/a 42.18
(99.58 %)		 296
(0.42 %)		 151
(100.00 %)		 521,043
(9.61 %)		 310,469
(2.36 %)		 6,712,849
(21.76 %)		 25,267
(1.71 %)
26 common swift (bApuApu2 2021 genbank)
GCA_020740795.1		 39,986
(53.94 %)		 12,277
(1.88 %)		 20,379
(2.16 %)		 n/a 41.95
(99.84 %)		 256
(0.16 %)		 109
(100.00 %)		 533,758
(8.66 %)		 199,748
(1.12 %)		 6,353,957
(21.19 %)		 20,393
(1.74 %)
27 denticle herring (v1 2019)
GCF_900700375.1		 59,645
(12.74 %)		 16,556
(3.78 %)		 37,861
(8.42 %)		 72,719
(10.66 %)		 43.69
(99.18 %)		 464
(0.82 %)		 460
(100.00 %)		 403,512
(3.23 %)		 224,282
(4.61 %)		 2,948,671
(28.79 %)		 64,661
(9.49 %)
28 downy woodpecker (bDryPub1 primary hap 2020)
GCA_014839835.1		 25,483
(48.39 %)		 12,405
(1.70 %)		 23,073
(2.18 %)		 n/a 45.31
(99.66 %)		 187
(0.34 %)		 181
(100.00 %)		 1,008,118
(21.51 %)		 378,537
(3.38 %)		 5,846,717
(32.04 %)		 26,005
(1.75 %)
29 eastern happy (v2 2018)
GCF_900246225.1		 57,615
(9.59 %)		 15,348
(2.22 %)		 28,518
(6.29 %)		 42,170
(8.31 %)		 41.07
(99.87 %)		 490
(0.13 %)		 364
(100.00 %)		 527,486
(5.98 %)		 217,915
(1.89 %)		 4,547,443
(30.78 %)		 33,005
(1.88 %)
30 emu (v1 ZJU1.0 2020)
GCA_016128335.1		 n/a 13,181
(1.74 %)		 24,708
(2.10 %)		 33,433
(3.99 %)		 42.41
(100.00 %)		 512
(0.00 %)		 802
(100.00 %)		 504,527
(4.38 %)		 259,276
(2.59 %)		 7,105,965
(19.15 %)		 41,784
(5.52 %)
31 epaulette shark (sHemOce1 2021 genbank)
GCA_020745735.1		 43,156
(39.58 %)		 12,439
(0.39 %)		 19,520
(1.06 %)		 n/a 42.76
(98.05 %)		 3,716
(1.95 %)		 1,963
(100.00 %)		 9,211,963
(69.93 %)		 935,037
(6.51 %)		 20,660,613
(43.88 %)		 41,682
(1.08 %)
32 Eurasian red squirrel (v1.1 2019)
GCA_902686455.1		 n/a 21,298
(1.58 %)		 21,024
(1.36 %)		 36,645
(1.54 %)		 40.08
(94.33 %)		 1,177
(5.67 %)		 638
(100.00 %)		 4,680,964
(35.76 %)		 704,218
(1.42 %)		 14,991,981
(31.49 %)		 48,159
(1.04 %)
33 Eurasian water vole (v1 2020)
GCF_903992535.1		 45,658
(2.52 %)		 19,724
(1.77 %)		 19,069
(1.47 %)		 34,561
(2.01 %)		 42.15
(99.74 %)		 872
(0.26 %)		 216
(100.00 %)		 4,098,151
(26.75 %)		 1,088,237
(2.91 %)		 12,853,776
(32.42 %)		 19,000
(0.58 %)
34 European turtle dove (v1.1 primary hap 2019)
GCA_901699155.1		 n/a 12,415
(1.77 %)		 23,484
(2.17 %)		 n/a 41.84
(99.67 %)		 894
(0.33 %)		 357
(100.00 %)		 539,737
(7.60 %)		 227,500
(1.16 %)		 6,768,805
(21.05 %)		 34,729
(2.65 %)
35 European turtle dove
GCA_901699165.1		 n/a 11,276
(1.79 %)		 21,238
(2.15 %)		 n/a 41.73
(100.00 %)		 n/a 3,333
(100.00 %)		 466,567
(7.08 %)		 182,345
(0.97 %)		 6,037,183
(20.24 %)		 29,648
(2.35 %)
36 European woodmouse (2022 genbank)
GCA_947179515.1		 54,113
(34.13 %)		 19,960
(1.65 %)		 19,954
(1.25 %)		 n/a 41.23
(99.99 %)		 1,129
(0.01 %)		 498
(100.00 %)		 4,863,656
(37.41 %)		 1,795,997
(8.95 %)		 13,681,786
(40.58 %)		 23,961
(0.53 %)
37 flier cichlid
GCA_007364275.2		 n/a 15,436
(2.15 %)		 26,448
(5.90 %)		 64,657
(6.60 %)		 41.23
(98.19 %)		 744
(1.81 %)		 189
(100.00 %)		 1,014,141
(16.95 %)		 287,037
(2.21 %)		 5,305,987
(30.67 %)		 24,130
(1.26 %)
38 Gabon caecilian
GCA_902459505.1		 54,713
(61.19 %)		 14,267
(0.51 %)		 29,026
(1.40 %)		 n/a 43.24
(99.85 %)		 433
(0.15 %)		 163
(100.00 %)		 1,311,113
(1.64 %)		 1,364,596
(3.83 %)		 19,589,738
(52.85 %)		 270,923
(4.52 %)
39 gilthead seabream (v1 2019)
GCF_900880675.1		 59,027
(10.96 %)		 15,412
(2.36 %)		 31,802
(6.47 %)		 73,197
(7.97 %)		 41.94
(99.96 %)		 1,050
(0.04 %)		 176
(100.00 %)		 531,360
(3.04 %)		 305,809
(3.03 %)		 4,701,694
(25.69 %)		 47,327
(2.41 %)
40 golden eagle (2019)
GCF_900496995.1		 55,164
(5.86 %)		 13,226
(1.87 %)		 23,033
(2.15 %)		 25,921
(3.22 %)		 42.11
(99.61 %)		 191
(0.39 %)		 142
(100.00 %)		 519,341
(5.86 %)		 180,990
(0.79 %)		 7,005,531
(19.25 %)		 37,343
(3.12 %)
41 golden eagle (v1.2 alternate hap 2019)
GCA_902153765.1		 n/a 9,334
(1.82 %)		 17,594
(2.12 %)		 n/a 42.53
(99.93 %)		 39
(0.07 %)		 3,860
(100.00 %)		 356,284
(6.03 %)		 123,430
(0.80 %)		 4,417,887
(19.25 %)		 28,919
(3.52 %)
42 greater horseshoe bat (v1 MPI-CBG 2019 genbank)
GCA_004115265.2		 53,353
(46.77 %)		 18,647
(1.97 %)		 20,359
(1.68 %)		 n/a 40.54
(99.64 %)		 158
(0.36 %)		 135
(100.00 %)		 3,301,020
(34.99 %)		 564,790
(1.35 %)		 12,217,069
(29.39 %)		 32,445
(1.06 %)
43 greater horseshoe bat (v1 MPI-CBG 2019 refseq)
GCF_004115265.1		 53,352
(3.13 %)		 18,647
(1.97 %)		 20,359
(1.68 %)		 n/a 40.54
(99.64 %)		 158
(0.36 %)		 134
(100.00 %)		 3,300,836
(34.99 %)		 564,789
(1.35 %)		 12,217,020
(29.39 %)		 32,445
(1.06 %)
44 greater pipefish
GCA_901709675.1		 n/a 13,467
(5.26 %)		 42,380
(12.01 %)		 n/a 43.46
(100.00 %)		 43
(0.00 %)		 87
(100.00 %)		 193,442
(3.05 %)		 125,716
(4.25 %)		 1,676,004
(25.93 %)		 46,340
(13.40 %)
45 green sea turtle (v1 2020)
GCF_015237465.1		 56,917
(3.63 %)		 14,729
(1.06 %)		 17,439
(1.56 %)		 n/a 44.01
(99.44 %)		 294
(0.56 %)		 99
(100.00 %)		 1,641,730
(15.08 %)		 304,356
(1.25 %)		 11,136,918
(31.96 %)		 49,035
(1.44 %)
46 Indian glassy fish (v1 2019)
GCF_900634625.1		 44,096
(12.32 %)		 15,337
(3.60 %)		 23,988
(7.92 %)		 60,224
(10.41 %)		 42.38
(98.08 %)		 1,523
(1.92 %)		 156
(100.00 %)		 346,406
(3.02 %)		 163,522
(3.00 %)		 2,755,229
(25.07 %)		 17,930
(1.47 %)
47 kakapo
GCA_004027225.2		 49,757
(54.33 %)		 13,112
(1.92 %)		 17,637
(2.48 %)		 n/a 41.97
(99.08 %)		 373
(0.92 %)		 90
(100.00 %)		 507,072
(7.85 %)		 208,180
(1.08 %)		 6,258,178
(20.50 %)		 22,278
(1.77 %)
48 Korean giant-fin mudskipper (v1 primary hap 2020 genbank)
GCA_009829125.1		 29,504
(53.56 %)		 14,221
(2.37 %)		 44,144
(5.80 %)		 41,384
(6.20 %)		 40.22
(99.05 %)		 700
(0.95 %)		 124
(100.00 %)		 423,338
(4.48 %)		 551,472
(7.22 %)		 4,887,148
(38.97 %)		 37,287
(2.58 %)
49 Korean giant-fin mudskipper (v1 primary hap 2020 refseq)
GCF_009829125.1		 29,517
(6.48 %)		 14,243
(2.37 %)		 44,144
(5.80 %)		 41,421
(6.20 %)		 40.22
(99.05 %)		 700
(0.95 %)		 124
(100.00 %)		 423,274
(4.48 %)		 551,472
(7.22 %)		 4,887,142
(38.97 %)		 37,287
(2.58 %)
50 lanner falcon (bFalBia1 primary hap 2022 genbank)
GCA_023638135.1		 48,561
(51.20 %)		 12,862
(1.69 %)		 21,562
(1.92 %)		 n/a 43.03
(99.83 %)		 158
(0.17 %)		 397
(100.00 %)		 439,975
(3.77 %)		 203,640
(6.96 %)		 6,921,438
(23.57 %)		 32,398
(2.65 %)
51 leatherback sea turtle (v1 2019 genbank G10K)
GCA_009764565.1		 n/a 14,572
(1.03 %)		 16,165
(1.42 %)		 n/a 43.36
(99.74 %)		 558
(0.26 %)		 55
(100.00 %)		 1,631,923
(15.09 %)		 303,440
(1.14 %)		 11,122,938
(34.12 %)		 35,505
(1.37 %)
52 leatherback sea turtle (v3 2020 refseq G10K)
GCF_009764565.2		 62,576
(3.50 %)		 14,610
(1.03 %)		 16,359
(1.45 %)		 n/a 43.35
(99.74 %)		 667
(0.26 %)		 40
(100.00 %)		 1,637,236
(15.13 %)		 304,730
(1.14 %)		 11,121,967
(34.21 %)		 35,485
(1.36 %)
53 leatherback sea turtle (v1 alternate hap 2020)
GCA_009762595.1		 n/a 10,857
(1.01 %)		 15,585
(1.46 %)		 n/a 43.54
(100.00 %)		 n/a 8,982
(100.00 %)		 1,090,219
(15.03 %)		 206,192
(1.19 %)		 7,154,939
(33.03 %)		 25,155
(1.42 %)
54 lesser kestrel (v1 2021)
GCF_017639655.1		 47,420
(5.64 %)		 13,097
(1.80 %)		 22,203
(2.07 %)		 n/a 42.30
(99.66 %)		 298
(0.34 %)		 291
(100.00 %)		 516,498
(5.58 %)		 210,236
(1.26 %)		 7,133,927
(19.19 %)		 27,558
(2.21 %)
55 lesser rhea (bPtePen1 primary hap 2023 genbank)
GCA_028389875.1		 39,024
(47.65 %)		 13,358
(1.72 %)		 23,870
(2.13 %)		 n/a 42.45
(99.89 %)		 128
(0.11 %)		 179
(100.00 %)		 674,141
(6.73 %)		 329,122
(5.34 %)		 6,820,211
(22.78 %)		 45,073
(5.83 %)
56 live sharksucker (v1 2019)
GCF_900963305.1		 40,255
(11.91 %)		 14,975
(3.53 %)		 22,304
(7.09 %)		 56,266
(9.51 %)		 41.43
(99.89 %)		 140
(0.11 %)		 38
(100.00 %)		 448,828
(3.61 %)		 146,353
(1.65 %)		 3,204,476
(21.79 %)		 16,807
(1.33 %)
57 lumpfish (genbank)
GCA_009769545.1		 41,612
(58.17 %)		 14,748
(3.32 %)		 49,223
(8.10 %)		 52,721
(8.34 %)		 42.83
(98.22 %)		 347
(1.78 %)		 49
(100.00 %)		 478,416
(6.02 %)		 421,634
(11.07 %)		 2,928,668
(27.98 %)		 53,323
(5.09 %)
58 mute swan (2019)
GCA_009769625.1		 n/a 12,973
(1.97 %)		 22,300
(2.18 %)		 n/a 41.92
(99.06 %)		 446
(0.94 %)		 181
(100.00 %)		 688,720
(7.65 %)		 301,358
(1.34 %)		 6,775,217
(21.21 %)		 31,271
(3.60 %)
59 mute swan (bCygOlo1 v1 alternate hap 2019)
GCA_009769485.1		 n/a 10,083
(1.97 %)		 18,350
(2.23 %)		 n/a 42.22
(100.00 %)		 3
(0.00 %)		 5,616
(100.00 %)		 485,827
(7.06 %)		 212,892
(1.28 %)		 4,756,962
(19.95 %)		 25,670
(3.87 %)
60 Nelson's sparrow (bAmmNel1 primary hap 2023 genbank)
GCA_027579445.1		 31,033
(46.15 %)		 12,385
(1.72 %)		 24,339
(2.24 %)		 n/a 43.01
(99.57 %)		 215
(0.43 %)		 77
(100.00 %)		 479,994
(3.33 %)		 443,098
(9.18 %)		 6,350,593
(25.82 %)		 31,693
(3.88 %)
61 New Zealand spotty (genbank)
GCA_009762535.1		 n/a 14,609
(2.22 %)		 43,262
(5.33 %)		 60,241
(8.02 %)		 40.86
(98.32 %)		 1,135
(1.69 %)		 468
(100.00 %)		 519,324
(4.65 %)		 393,329
(5.54 %)		 4,522,265
(33.34 %)		 18,302
(0.85 %)
62 North Atlantic right whale (hap2 2023 genbank)
GCA_028564815.1		 n/a 19,541
(1.47 %)		 21,516
(1.25 %)		 n/a 41.69
(99.83 %)		 363
(0.17 %)		 779
(100.00 %)		 1,361,117
(2.23 %)		 836,632
(13.12 %)		 12,597,969
(44.00 %)		 93,862
(1.92 %)
63 northern pike
GCA_011004845.1		 63,720
(60.35 %)		 16,616
(2.41 %)		 55,784
(5.64 %)		 82,918
(8.82 %)		 42.22
(99.89 %)		 112
(0.11 %)		 53
(100.00 %)		 1,039,521
(30.93 %)		 524,708
(7.32 %)		 4,691,094
(32.91 %)		 42,910
(2.52 %)
64 pale spear-nosed bat (MPI-MPIP v1 2019)
GCF_004126475.1		 35,529
(2.39 %)		 18,185
(1.70 %)		 20,184
(1.64 %)		 41,094
(3.29 %)		 42.38
(98.92 %)		 831
(1.08 %)		 141
(100.00 %)		 3,072,951
(30.02 %)		 385,608
(0.80 %)		 12,060,365
(30.47 %)		 64,081
(4.30 %)
65 pale spear-nosed bat (alternate hap MPI-MPIP 2019)
GCA_004115245.1		 n/a 18,118
(1.63 %)		 23,536
(1.65 %)		 n/a 42.48
(100.00 %)		 38
(0.00 %)		 10,873
(100.00 %)		 3,001,130
(29.46 %)		 375,042
(0.79 %)		 11,813,971
(29.64 %)		 67,712
(4.23 %)
66 peregrine falcon (bFalPer1 primary hap 2022 genbank)
GCA_023634155.1		 49,100
(50.44 %)		 13,025
(1.67 %)		 24,167
(2.02 %)		 n/a 42.65
(99.69 %)		 232
(0.31 %)		 124
(100.00 %)		 586,316
(11.83 %)		 335,214
(8.05 %)		 7,038,700
(24.65 %)		 26,085
(2.25 %)
67 platypus (Pmale09 v3 2020)
GCA_004115215.3		 n/a 14,805
(1.26 %)		 18,888
(1.63 %)		 n/a 46.14
(99.18 %)		 515
(0.82 %)		 322
(100.00 %)		 5,101,303
(51.62 %)		 578,617
(2.89 %)		 9,113,847
(48.93 %)		 87,861
(7.92 %)
68 prehistoric monster fish
GCA_902500255.1		 45,404
(55.83 %)		 14,654
(0.76 %)		 72,609
(2.41 %)		 57,391
(2.04 %)		 41.99
(99.49 %)		 2,554
(0.51 %)		 464
(100.00 %)		 1,311,131
(2.79 %)		 786,401
(3.65 %)		 9,901,286
(59.90 %)		 172,199
(5.45 %)
69 pygmy chimpanzee (v1 primary hap 2023)
GCF_029289425.1		 84,858
(3.73 %)		 20,765
(1.73 %)		 22,666
(1.18 %)		 n/a 40.49
(99.96 %)		 8
(0.04 %)		 443
(100.00 %)		 5,487,575
(50.65 %)		 1,054,555
(12.79 %)		 15,952,698
(43.80 %)		 53,329
(1.37 %)
70 pygmy sperm whale (mKogBre1 haplotype 1 2022 genbank)
GCA_026419965.1		 56,261
(41.31 %)		 18,495
(1.55 %)		 20,718
(1.32 %)		 n/a 42.05
(99.81 %)		 143
(0.19 %)		 580
(100.00 %)		 3,817,653
(34.51 %)		 758,297
(7.42 %)		 12,196,926
(39.96 %)		 101,353
(2.90 %)
71 reedfish (v1 alternate hap 2019)
GCA_900700845.2		 n/a 9,950
(0.37 %)		 31,611
(1.22 %)		 n/a 39.44
(100.00 %)		 5
(0.00 %)		 38,598
(100.00 %)		 1,300,565
(2.57 %)		 685,834
(2.21 %)		 14,691,576
(45.66 %)		 63,365
(1.11 %)
72 reedfish (2019)
GCF_900747795.1		 40,545
(1.73 %)		 13,154
(0.46 %)		 24,028
(1.29 %)		 34,856
(1.34 %)		 39.44
(93.75 %)		 5,614
(6.25 %)		 1,885
(100.00 %)		 1,834,613
(2.79 %)		 1,018,031
(2.36 %)		 20,081,632
(44.56 %)		 88,254
(1.06 %)
73 river trout (v1 2019)
GCF_901001165.1		 102,772
(6.02 %)		 27,413
(1.62 %)		 51,424
(4.17 %)		 121,979
(5.28 %)		 43.36
(96.90 %)		 3,941
(3.10 %)		 1,441
(100.00 %)		 1,438,988
(5.72 %)		 1,789,507
(15.87 %)		 9,819,761
(52.37 %)		 70,821
(1.77 %)
74 rock pigeon (v1 racing homer 2024)
GCA_036013475.1		 n/a 13,145
(1.66 %)		 28,883
(2.53 %)		 n/a 42.00
(100.00 %)		 248
(0.00 %)		 870
(100.00 %)		 656,923
(11.76 %)		 412,678
(12.92 %)		 6,047,578
(29.90 %)		 36,847
(3.12 %)
75 Saker falcon (bFalChe1 primary hap 2022 genbank)
GCA_023634085.1		 50,290
(50.75 %)		 12,971
(1.67 %)		 23,351
(2.02 %)		 n/a 43.15
(99.70 %)		 258
(0.30 %)		 282
(100.00 %)		 548,087
(7.21 %)		 201,482
(8.55 %)		 7,030,761
(24.94 %)		 31,791
(2.57 %)
76 saltmarsh sparrow (bAmmCau1 primary hap 2023 genbank)
GCA_027887145.1		 27,528
(42.80 %)		 12,832
(1.69 %)		 25,514
(2.23 %)		 n/a 43.50
(99.76 %)		 363
(0.24 %)		 282
(100.00 %)		 541,958
(3.43 %)		 566,692
(13.38 %)		 6,205,274
(28.98 %)		 35,549
(5.05 %)
77 San Diego alligator lizard (v1.0 HBS135686 primary hap 2022)
GCA_023053635.1		 n/a 14,075
(1.15 %)		 19,587
(1.99 %)		 n/a 43.52
(100.00 %)		 23
(0.00 %)		 85
(100.00 %)		 1,577,744
(7.81 %)		 774,690
(3.78 %)		 9,248,062
(40.42 %)		 80,183
(2.48 %)
78 San Diego alligator lizard (v1.1 HBS135686 primary hap 2024 genbank)
GCA_023053635.2		 n/a 14,093
(1.15 %)		 19,338
(1.96 %)		 n/a 43.52
(100.00 %)		 73
(0.00 %)		 35
(100.00 %)		 1,577,751
(7.81 %)		 774,117
(3.78 %)		 9,248,069
(40.42 %)		 80,183
(2.48 %)
79 siamang (v1 Jambi primary hap 2023)
GCF_028878055.1		 79,118
(2.62 %)		 20,139
(1.70 %)		 21,232
(1.14 %)		 n/a 40.62
(100.00 %)		 1
(0.00 %)		 606
(100.00 %)		 5,278,880
(55.89 %)		 946,219
(14.68 %)		 14,395,605
(46.26 %)		 95,573
(1.75 %)
80 Siamese fighting fish (v1 alternate hap 2019)
GCA_900651605.1		 n/a 14,510
(4.12 %)		 60,058
(10.77 %)		 n/a 45.51
(100.00 %)		 2
(0.00 %)		 3,705
(100.00 %)		 249,671
(3.68 %)		 182,366
(4.87 %)		 1,939,533
(22.55 %)		 72,474
(13.55 %)
81 Siamese fighting fish (v2 primary hap 2019)
GCF_900634795.2		 54,389
(16.95 %)		 14,745
(4.21 %)		 34,348
(10.09 %)		 62,673
(13.02 %)		 45.30
(99.99 %)		 328
(0.01 %)		 70
(100.00 %)		 252,955
(3.51 %)		 184,269
(4.62 %)		 2,010,934
(23.88 %)		 72,126
(13.08 %)
82 Siamese fighting fish (v3 primary hap 2020)
GCF_900634795.3		 54,864
(17.78 %)		 14,745
(4.20 %)		 56,808
(10.87 %)		 69,466
(16.34 %)		 45.30
(99.99 %)		 328
(0.01 %)		 70
(100.00 %)		 255,550
(3.51 %)		 184,269
(4.62 %)		 2,010,934
(23.88 %)		 72,126
(13.08 %)
83 smalltooth sawfish (v2 2019 genbank)
GCA_009764475.1		 n/a 11,828
(0.66 %)		 18,627
(1.55 %)		 n/a 42.38
(99.09 %)		 698
(0.91 %)		 173
(100.00 %)		 405,021
(1.14 %)		 391,531
(1.52 %)		 11,282,302
(38.19 %)		 45,398
(1.34 %)
84 sterlet (paternal 2020)
GCA_902713435.1		 n/a 22,718
(1.81 %)		 34,093
(4.15 %)		 57,768
(4.88 %)		 39.60
(100.00 %)		 422
(0.01 %)		 224
(100.00 %)		 1,145,503
(3.39 %)		 912,936
(6.84 %)		 8,839,174
(39.17 %)		 52,560
(1.82 %)
85 Sumatran orangutan (v1 AG06213 primary hap 2023)
GCF_028885655.1		 98,046
(3.46 %)		 21,162
(1.68 %)		 21,714
(1.13 %)		 n/a 41.13
(99.79 %)		 59
(0.21 %)		 2,670
(99.79 %)		 5,730,768
(55.05 %)		 1,175,314
(11.19 %)		 16,323,507
(44.05 %)		 55,799
(2.08 %)
86 Swainson's thrush (v1 2019)
GCF_009819885.1		 40,128
(5.45 %)		 13,016
(1.88 %)		 24,787
(2.41 %)		 30,064
(2.94 %)		 42.48
(98.86 %)		 428
(1.14 %)		 161
(100.00 %)		 483,978
(5.85 %)		 589,859
(4.32 %)		 6,708,638
(22.44 %)		 49,404
(3.53 %)
87 Swainson's thrush (bCatUst1 v1 alternate hap 2019)
GCA_009819505.1		 n/a 13,403
(1.85 %)		 27,456
(2.48 %)		 n/a 42.86
(100.00 %)		 13
(0.00 %)		 3,601
(100.00 %)		 497,374
(5.78 %)		 649,859
(4.89 %)		 6,740,713
(22.65 %)		 49,076
(3.54 %)
88 swamp sparrow (bMelGeo1 primary hap 2023 genbank)
GCA_028018845.1		 29,544
(46.92 %)		 12,375
(1.75 %)		 24,577
(2.31 %)		 n/a 43.08
(99.89 %)		 236
(0.11 %)		 40
(100.00 %)		 419,473
(3.09 %)		 439,909
(7.61 %)		 6,077,743
(24.47 %)		 32,064
(3.27 %)
89 thorny skate (genbank 2020)
GCA_010909765.1		 45,969
(46.35 %)		 11,434
(0.60 %)		 26,342
(1.72 %)		 32,017
(1.87 %)		 44.30
(92.54 %)		 3,753
(7.46 %)		 958
(100.00 %)		 866,598
(2.58 %)		 1,176,350
(3.79 %)		 9,964,083
(52.25 %)		 242,676
(4.73 %)
90 thorny skate (v1 2020)
GCF_010909765.1		 45,969
(2.40 %)		 11,433
(0.60 %)		 26,341
(1.72 %)		 32,017
(1.87 %)		 44.30
(92.54 %)		 3,753
(7.46 %)		 957
(100.00 %)		 865,711
(2.57 %)		 1,176,348
(3.79 %)		 9,964,038
(52.25 %)		 242,676
(4.73 %)
91 torafugu (fTakRub1.2 2019 refseq)
GCF_901000725.2		 53,479
(18.31 %)		 14,527
(4.79 %)		 28,597
(10.65 %)		 55,587
(14.38 %)		 45.67
(99.04 %)		 402
(0.96 %)		 128
(100.00 %)		 281,011
(10.36 %)		 178,921
(5.32 %)		 1,642,756
(20.86 %)		 49,975
(9.63 %)
92 village indigobird (merged hap OUT-0048 2022 genbank)
GCA_026979565.1		 n/a 12,819
(1.94 %)		 24,247
(2.44 %)		 n/a 42.23
(99.98 %)		 458
(0.02 %)		 178
(100.00 %)		 616,749
(11.96 %)		 411,917
(3.56 %)		 6,385,102
(20.91 %)		 37,940
(2.83 %)
93 western lowland gorilla (v1 KB3781 2023)
GCF_029281585.1		 101,242
(3.18 %)		 20,994
(1.57 %)		 41,945
(1.53 %)		 n/a 40.59
(99.85 %)		 38
(0.15 %)		 637
(100.00 %)		 5,526,927
(51.16 %)		 1,080,693
(20.38 %)		 15,929,020
(48.46 %)		 76,432
(1.35 %)
94 white leghorn X broiler chicken (v1 leghorn haplotype v1 2021)
GCF_016700215.1		 55,865
(8.86 %)		 12,310
(2.41 %)		 22,056
(2.57 %)		 n/a 42.20
(99.65 %)		 254
(0.35 %)		 509
(99.65 %)		 604,452
(10.76 %)		 232,416
(2.03 %)		 5,541,059
(20.23 %)		 22,185
(2.62 %)
95 white-tufted-ear marmoset (v1 paternal 2020)
GCA_011100535.1		 n/a 20,939
(1.94 %)		 20,416
(1.31 %)		 n/a 41.04
(99.58 %)		 788
(0.42 %)		 336
(100.00 %)		 4,869,007
(49.39 %)		 746,577
(2.68 %)		 14,347,286
(37.59 %)		 35,222
(0.94 %)
96 zebra finch (genbank 2020 Blue55 female)
GCA_009859065.2		 n/a 12,796
(1.92 %)		 24,658
(2.44 %)		 n/a 41.91
(98.03 %)		 789
(1.97 %)		 541
(100.00 %)		 554,338
(9.67 %)		 339,851
(2.27 %)		 6,613,146
(20.04 %)		 28,678
(2.32 %)
97 zebra finch (refseq 2019 Black17 male)
GCF_003957565.1		 51,472
(7.16 %)		 13,211
(2.02 %)		 17,812
(2.70 %)		 38,655
(7.10 %)		 42.04
(99.78 %)		 312
(0.22 %)		 135
(100.00 %)		 535,521
(8.50 %)		 550,118
(4.01 %)		 6,519,872
(21.47 %)		 30,053
(2.58 %)
98 zebra finch (genbank 2019 Black17 male)
GCA_003957565.2		 n/a 13,212
(2.02 %)		 25,117
(2.57 %)		 38,655
(7.10 %)		 42.04
(99.78 %)		 312
(0.22 %)		 135
(100.00 %)		 535,521
(8.50 %)		 550,118
(4.01 %)		 6,519,872
(21.47 %)		 30,053
(2.58 %)
99 zebra finch (alternate hap Black17 2018)
GCA_003957525.1		 n/a 11,340
(1.85 %)		 22,921
(2.37 %)		 n/a 41.73
(99.98 %)		 45
(0.01 %)		 5,381
(99.99 %)		 480,647
(8.44 %)		 365,668
(2.89 %)		 5,859,698
(20.27 %)		 24,649
(2.35 %)
100 zig-zag eel (v1.2 2019 refseq)
GCF_900324485.2		 44,988
(12.00 %)		 15,037
(3.35 %)		 40,235
(7.28 %)		 60,496
(9.39 %)		 40.66
(97.76 %)		 238
(2.24 %)		 123
(100.00 %)		 348,230
(2.87 %)		 157,728
(2.01 %)		 3,180,025
(23.44 %)		 12,807
(1.08 %)
TOTALS:total assembly count 100

Alternate sets of VGP assembliesNCBI Refseq
Index pages:  primary assembly alternate/haplotype trio mat/pat legacy/superseded other NCBI Refseq assemblies
Assembly statistics:  primary assembly alternate/haplotype trio mat/pat legacy/superseded other NCBI Refseq assemblies
Track statistics:  primary assembly alternate/haplotype trio mat/pat legacy/superseded other NCBI Refseq assemblies