BAM/@SQ SN:chr1 LN:197195432 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chr2 LN:181748087 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chr3 LN:159599783 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chr4 LN:155630120 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chr5 LN:152537259 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chr6 LN:149517037 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chr7 LN:152524553 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chr8 LN:131738871 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chr9 LN:124076172 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chr10 LN:129993255 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chr11 LN:121843856 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chr12 LN:121257530 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chr13 LN:120284312 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chr14 LN:125194864 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chr15 LN:103494974 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chr16 LN:98319150 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chr17 LN:95272651 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chr18 LN:90772031 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chr19 LN:61342430 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chrX LN:166650296 AS:mm9 SP:mouse @SQ SN:chrY LN:15902555 AS:mm9 SP:mouse @HD VN:1.0 SO:unsorted @SQ SN:chr1 LN:197195432 @SQ SN:chr2 LN:181748087 @SQ SN:chr3 LN:159599783 @SQ SN:chr4 LN:155630120 @SQ SN:chr5 LN:152537259 @SQ SN:chr6 LN:149517037 @SQ SN:chr7 LN:152524553 @SQ SN:chr8 LN:131738871 @SQ SN:chr9 LN:124076172 @SQ SN:chr10 LN:129993255 @SQ SN:chr11 LN:121843856 @SQ SN:chr12 LN:121257530 @SQ SN:chr13 LN:120284312 @SQ SN:chr14 LN:125194864 @SQ SN:chr15 LN:103494974 @SQ SN:chr16 LN:98319150 @SQ SN:chr17 LN:95272651 @SQ SN:chr18 LN:90772031 @SQ SN:chr19 LN:61342430 @SQ SN:chrX LN:166650296 @SQ SN:chrY LN:15902555 @PG ID:Bowtie VN:0.12.7 CL:"bowtie -t -a -f --solexa1.3-quals -p 8 -m 1 -n 2 -l 25 -e 3001 -S /mnt/thumper/solexa/genomes/bowtie_indexes/mm9 lane1.fasta lane1.sam" *chr1 chr2wA chr3L chr4(F chr5 chr6rchr7 W chr8,chr9@echr10'chr110Cchr12:>:chr13d+chr14pRvchr15>5+chr16.;chr17˾chr18?ichr19chrX chrY[chr1 chr2wA chr3L chr4(F chr5 chr6rchr7 W chr8,chr9@echr10'chr110Cchr12:>:chr13d+chr14pRvchr15>5+chr16.;chr17˾chr18?ichr19chrX chrY[