This directory contains the Dec. 2013 assembly of the human genome (hg38,
GRCh38 Genome Reference Consortium Human Reference 38 (GCA_000001405.15))
in one gzip-compressed FASTA file per chromosome.

The Dec. 2013 human reference sequence (GRCh38) was produced by the
Genome Reference Consortium:
	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/assembly/grc/

Files included in this directory:

  - chr*.fa.gz: compressed FASTA sequence of each chromosome.

    Repeats from RepeatMasker and Tandem Repeats Finder (with period
    of 12 or less) are shown in lower case; non-repeating sequence is
    shown in upper case.

    RepeatMasker was run with the -s (sensitive) setting.
    Using: June 20 2013 (open-4-0-3) version of RepeatMasker and
    RepBase library: RELEASE 20130422 of library RepeatMaskerLib.embl

  - md5sum.txt - checksums of files in this directory

------------------------------------------------------------------

The chr*_random sequences are unplaced sequence on those reference
chromosomes.

The chrUn_* sequences are unlocalized sequences where the corresponding
reference chromosome has not been determined.

See also: NCBI discussion of assembly procedures:
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/assembly/assembly.shtml 

------------------------------------------------------------------
If you plan to download a large file or multiple files from this 
directory, we recommend that you use ftp rather than downloading the 
files via our website. To do so, ftp to hgdownload.cse.ucsc.edu, then 
go to the directory goldenPath/hg38/chromosomes. To download multiple 
files, use the "mget" command:

    mget <filename1> <filename2> ...
    - or -
    mget -a (to download all the files in the directory)

Alternate methods to ftp access.
    
Using an rsync command to download the entire directory:
    rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/chromosomes/ .
For a single file, e.g. chrM.fa.gz
    rsync -avzP 
        rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/chromosomes/chrM.fa.gz .
    
Or with wget, all files:
    wget --timestamping 
        'ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/chromosomes/*'
With wget, a single file:
    wget --timestamping 
        'ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/chromosomes/chrM.fa.gz' 
        -O chrM.fa.gz
    
To uncompress the fa.gz files:
    gunzip <file>.fa.gz

All the files in this directory are freely available for public use.
      Name                          Last modified      Size  Description
Parent Directory - chr1.fa.gz 23-Jan-2014 16:39 71M chr1_GL383518v1_alt.fa.gz 23-Jan-2014 16:40 55K chr1_GL383519v1_alt.fa.gz 23-Jan-2014 16:40 33K chr1_GL383520v2_alt.fa.gz 23-Jan-2014 16:40 119K chr1_KI270706v1_random.fa.gz 23-Jan-2014 16:39 56K chr1_KI270707v1_random.fa.gz 23-Jan-2014 16:39 10K chr1_KI270708v1_random.fa.gz 23-Jan-2014 16:39 39K chr1_KI270709v1_random.fa.gz 23-Jan-2014 16:39 19K chr1_KI270710v1_random.fa.gz 23-Jan-2014 16:39 13K chr1_KI270711v1_random.fa.gz 23-Jan-2014 16:39 14K chr1_KI270712v1_random.fa.gz 23-Jan-2014 16:39 55K chr1_KI270713v1_random.fa.gz 23-Jan-2014 16:39 14K chr1_KI270714v1_random.fa.gz 23-Jan-2014 16:39 14K chr1_KI270759v1_alt.fa.gz 23-Jan-2014 16:40 136K chr1_KI270760v1_alt.fa.gz 23-Jan-2014 16:40 36K chr1_KI270761v1_alt.fa.gz 23-Jan-2014 16:40 53K chr1_KI270762v1_alt.fa.gz 23-Jan-2014 16:40 82K chr1_KI270763v1_alt.fa.gz 23-Jan-2014 16:40 293K chr1_KI270764v1_alt.fa.gz 23-Jan-2014 16:40 17K chr1_KI270765v1_alt.fa.gz 23-Jan-2014 16:40 60K 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